直線職能制組織結構的缺點是

1、部門間缺乏信息交流，不利於集思廣益地作出決策。

2、直線部門與職能部門之間目標不易統一，職能部門之間橫向聯繫較差，信息傳遞路線較長，矛盾較多，上層主管的協調工作量大。

3、難以從組織內部培養熟悉全面情況的管理人才。

4、系統剛性大，適應性差，容易因循守舊，對新情況不易及時做出反應。